La Real Clerecía o Colegio del Espíritu Santo, conocido popularmente como La Clerecía de Salamanca es una fundación de los reyes Felipe III y Margarita de Austria, a principios del siglo XVII. La primera piedra se puso en el ángulo derecho de la iglesia en 1617 y las obras no concluirían hasta casi finalizado el siglo XVIII. Fue concebida para el Colegio de la Compañía de Jesús.
Se le conoce por el nombre de Clerecía debido a que tras ser expulsados los judíos en el siglo XVII pasó a propiedad de la Real Clerecía de San Marcos. En época medieval, los clérigos y afines se agrupaban en torno a una organización gremial cuya finalidad era la defensa de sus derechos. Esta organización gremial estaba dirigida por un abad y se encontraba bajo la protección directa del Rey o de su delegado.
Así, surgió la Real Clerecía de San Marcos que se agrupó en torno a la antigua iglesia de San Marcos y la iglesia del Espíritu Santo o Clerecía. En el año 1665 se inauguró la iglesia de la Real Clerecía y al día siguiente se instaló la comunidad jesuítica en la parte posterior de la misma.
Los jesuitas fueron expulsados de España en el año 1767 y poco después el edificio era repartido en tres lotes, la iglesia y la sacristía para la Clerecía de San Marcos, una de las alas para los Irlandeses y el otro ala para el Seminario Conciliar, hasta que fue cedido a la Universidad Pontificia en el año 1940.
La Universidad Pontificia ocupa el antiguo Colegio Real. Es una obra realizada en el siglo XVII y las obras concluyeron poco antes de la expulsión de los judíos en 1779. En las obras intervinieron Juan de Setién y Joaquín de Churriguera, artífices de la Catedral Nueva de la ciudad de Salamanca. Finalizó las obras Andrés García de Quiñones aunque su hijo Jerónimo concluyó las obras de la fachada poco después.
